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Es gibt Leistungen, bei denen Umsatzsteuer anfällt, zum Beispiel bei einigen ästhetischen Eingriffen, die nicht medizinisch notwendig sind, oder bei bestimmten Gutachten. Die genaue Abgrenzung, welche Leistungen umsatzsteuerpflichtig sind und welche nicht, kann komplex sein.

Mediziner können eine Reihe spezifischer Betriebsausgaben absetzen, die direkt mit ihrer beruflichen Tätigkeit zusammenhängen. Dazu gehören etwa Kosten für medizinische Geräte, Praxissoftware, Fortbildungen und Fachliteratur. Besonderheiten ergeben sich oft im Zusammenhang mit der digitalen Modernisierung von Praxen oder dem hohen Investitionsbedarf in medizinische Geräte.

Investitionen in die Praxisinfrastruktur, wie medizinische Geräte oder Praxiseinrichtungen, können über deren Nutzungsdauer abgeschrieben werden. Die Höhe und Dauer der Abschreibung können je nach Art des Wirtschaftsguts variieren, wodurch sich Unterschiede in der steuerlichen Belastung ergeben können.

Bei der Einkommenssteuer gibt es keine grundsätzlich medizinspezifischen Unterschiede. Allerdings kann die Höhe des Einkommens und die damit verbundene Steuerlast durch die spezifischen Betriebseinnahmen und -ausgaben sowie durch mögliche Sonderausgaben und außergewöhnliche Belastungen beeinflusst werden.

Freiberuflich tätige Mediziner müssen ihre Sozialversicherungsbeiträge, einschließlich der Renten- und Krankenversicherungsbeiträge, in der Regel selbst tragen, was sich indirekt auf ihre steuerliche Situation auswirkt, da diese Beiträge unter bestimmten Voraussetzungen steuerlich absetzbar sind.